Одной из самых серьёзных проблем, возникших в ходе освоения Аляски, было сопротивление туземцев. Они отказались добровольно сотрудничать со свалившимися им на голову чужеземцами.
Составить достойное сопротивление регулярным войскам они не могли. Но и регулярных частей у России на Аляске не было. Из-за этого периодические вылазки коренных жителей полуострова доставляли «промысловикам» массу неприятностей.
Противоречия с алеутами удалось кое-как уладить и заключить с ними мир. Теперь очередь была за племенами индейцев-тлинкитов, обитавших на юго-востоке Аляски и прилегающих к ней островах.
С тлинкитами русские промышленники, занимавшиеся поиском пушного зверя, впервые столкнулись в 1792 году во время высадки на острове Хинчинбрук. Высадкой командовал купец и будущий губернатор Аляски Александр Андреевич Баранов. Тлинкиты набросились на пришельцев в лосиных плащах и звероподобных шлемах на голове. Баранов в этой стычке едва не погиб, а его команде пришлось отплыть в море.
Лишь через шесть лет на соседнем острове Ситка Баранов заложил русский форт. С индейцами был подписан мирный договор, но скоро он был нарушен с появлением в водах английского пирата Генри Барбера по кличке «Черный пират». Согласно легендам, он прибыл за запасом шкурок каланов, крупный запас которых имелся в русской фактории. Если верить рассказам, ради этого богатства Барбер сумел развязать войну индейцев с русскими.
Как пишет Сергей Ташевский, весной 1802 года Барбер тайно раздал тлинкитам ружья и порох и начал подстрекать их к «мятежу». Дождавшись, когда обитатели фактории уйдут на промысел, и крепость практически опустеет, тлинкиты набросились на неё всей своей силой и быстро подавили сопротивление дюжины её защитников. Они врывались в дома, убивали русских и алеутов. Партии промышленников они уничтожили поодиночке. В самый разгар индейского «беспредела», сообщает Ташевский, к берегу подошел корабль английского пирата «Юникорн», будто бы спешивший на выручку, и выстрелом из пушки потопил одно индейское каноэ.
Согласно другой версии, у которой насчитывается гораздо больше сторонников, восстание тлинкитов, начавшееся в мае-июне 1802 года, было следствием их общего стремления изгнать непрошеных гостей со своей земли. Именно потому, что стремление было общим, тлинкитам удалось объединиться и действовать заодно. Помимо сухопутных отрядов, у них образовались байдарочные флотилии со всех территориальных вод, действовавшие на побережье.
Первая стычка противников состоялась в конце мая. А уже в июне главный вождь тлинкитов Катлиана во главе отряда из 600 человек напал на ту самую Михайловскую крепость на острове Ситка, о которой рассказывалось выше. В крепости оставалось 15 человек «гарнизона», которых индейцы атаковали и уничтожили. С следующие дни они подстерегли и почти полностью уничтожили партию, возвращавшуюся с промысла тюленей. Самую крупную группу ситкинских промысловиков, состоявшую из 165 человек, тлинкиты настигли и разгромили около пролива Фредерик ночью 19 июня.
Уже после того, как восстание началось, к Ситке приплыл известный нам английский бриг «Юникорн» капитана Генри Барбера, которого английские источники аттестуют как британского морского офицера и открывателя острова Маккин в группе Феникс в Тихом океане.
Выстрелом из пушки Барбер потопил индейское каноэ, деморализовал тлинкитских «мореходов» и заставил их выдать ему пленников. По имеющимся сведениям, в живых осталось около 20 человек — в основном это были женщины и дети.
Потери 1802 года составили 24 русских промысловика и 200 алеутов. Но для Российско-американской компании и губернатора Аляски Баранова самым тяжёлым известием была утрата Ситки.
Возвращение Ситки произошло в 1804 году. Во главе экспедиции стоял лично губернатор Аляски Баранов. С отрядом в 150 человек и при поддержке свыше полутысячи алеутов на байдарках и четырёх кораблями он вышел из Якутата к злополучному острову тлинкитов.
Индейцы укрылись в деревянной крепости и мужественно отбили первый штурм. Баранов во время боя получил серьёзное ранение в руку. Взять индейскую крепость удалось после длительного артиллерийского обстрела. Тлинкиты ушли вглубь острова, оставив в форте около 30 непогребённых тел. 8 октября 1804 года над Ситкой был поднят русский флаг. Поселение, возведённое на прежнем месте, было названо Ново-Архангельск.
Последняя вспышка русско-тлинкитской войны произошла в 1805 году. 20 августа тлинкиты и эяки во главе с хитрым и коварным вождём Танухом напали на Якутат — главный город русской колонии на берегу Аляски.
Танух втёрся в доверие к командиру крепости и, пользуясь его расположением, вошёл в Якутат со своими людьми. Далее, согласно индейским легендам, по его сигналу все русские в крепости были перебиты. По официальным данным в тот день погибло 14 русских и множество союзных им алеутов.
Большая часть промысловиков находилась в это время на кораблях. Убедившись, что город сожжён, они вышли в открытое море и были потоплены штормом. Погибших было около 250 человек. Спастись удалось лишь трём десяткам из них, сумевшим выбраться на берег.
С падением Якутата была потеряна стратегическая база на побережье Америки. Лёгкая победа воодушевила тлинкитов, и около 200 воинов решили применить тот же коварный план, чтобы уничтожить Константиновскую крепость в Чугацком заливе. Часть тлинкитов вместе с Танухой приплыли на двух каноэ в крепость как будто бы для торговли и плясок с индейцами чугачами. Другая часть притаилась поблизости.
Начальник крепости принял индейцев и разрешил заниматься тем, чем они пожелают. К счастью для гарнизона, один из невольников бежал от тлинкитов и сообщил об их планах начальнику крепости Репину. Репин заманил индейцев в соседнюю деревню, где ночью они были уничтожены чугачами. Вождь Тануха был взят под стражу и зарезался.
Узнав об этом, находившиеся в засаде тлинкиты бросились на своих утлых каноэ в бушующее устье реки и в большинстве своём утонули. Тех, кто доплыл до берега, перебили чугачи. Единство между индейскими кланами было нарушено. Тлинкиты и чугачи вступили в непримиримую борьбу. Клан Тануха был истреблён. С тлинкитами было заключено перемирие.
Тем не менее, они продолжали бороться с присутствием русских промысловиков. Всякий раз во время промысла они выплывали в море и начинали стрелять из ружей по зверю, что делало его добычу невозможной. Бывали случаи, когда они захватывали и тайно убивали служащих компании, но доказать это было невозможно.
Индейская угроза всегда оставалась серьёзной и в дальнейшем мешала Российско-американской компании заниматься колонизацией юго-востока Аляски. Фактически русско-тлинкитская война продолжалась до конца 1850-х годов. Её потери кажутся скромными: в ней погибло 45 русских, чуть больше 230 дружественных им алеутов и несколько сотен индейцев.
Тем не менее, с точки зрения тлинкитов, это была настоящая война, которая официально закончилась только в 2004 году, когда на территории Национального исторического парка Ситки была проведена публичная церемония примирения между тлинкитами и Россией.
Когда в США начались протесты против памятников расистам, то статую Баранова, как поработителя тлинкитов и алеутов, установленную в Ситке в 1989 году, пришлось демонтировать и перенести в музей.
Братская могила русских моряков, погибших в войне с тлинкитами в 1804 году.
